Мысль об устройстве монастыря на Бештау и осуществлении ее принадлежит инокам Иоанно-Богословской келии Хиландарского Славяно-Сербского монастыря иеромонаху Иоанну и монаху Сергию и тесно связана с личностью настоятеля названной келии — иеромонаха Герасима.

27 июля 1903 года отец Герасим, с согласия Иоанно-Богословской келии, командировал в Россию иеромонаха Иоанна и монаха Сергия изыскать средства для строительства монастыря. По приезду в Россию, монах Сергий заболел и отправился в Пятигорск для лечения, а иеромонах Иоанн в г.Петербург, где состоялась самая главная встреча с почитаемым всей Православной церковью отцом Иоанном Кронштадтским. Получив от него благословение на устройство монастыря на Кавказе, он приехал в Пятигорск. Отец Иоанн вместе с отцом Сергием осмотрели юго-западный склон горы Бештау, избранной иноками как образ Афона за внешнее сходство и выбрали место для строительства монастыря.

В 1903 году Директор минеральных вод В.В.Хвощинский выделил 20 десятин казенных земель из Бештаугорской дачи Пятигорского лесничества.

2 мая 1904 года место для будущего храма Успения Пресвятой Богородицы освятил протоирей Спасского собора г. Пятигорска Михаил Закхеев. На склоне Бештау начались строительные работы. Одновременно с храмом возводился и трехэтажный корпус братских келий с гостиницей, дом для помещения настоятеля, старшей братии, трапезной и кухни.

Кроме служения Богу монахи занимались и просветительской деятельностью. В 1905 году в доме полковника Д.П.Шишкова, пожертвованном монастырю, была открыта церковно-приходская школа, в которой обучалось 67 мальчиков.

Главной святыней обители была икона Успения Богоматери, которая располагалась над Царскими Вратами. Ее передала монастырю старушка из Казани Прасковья Степановна Локтина. Это была копия 300 летней иконы, которая находилась в Великой Церкви Киево-Печорской Лавры.

После установления Советской власти, монастырь продолжал вести иноческую жизнь до 1926 года. В 1926 году в братском корпусе большевики расположили санаторий для инвалидов. После праздника святых апостолов Петра и Павла часть монастырской братии ушла в горы Большого Кавказа.

В 1930 году Второ-Афонский монастырь оказался в ведении Общества Пролетарского Туризма и Экскурсий. Советский «Интурист» присылал сюда туристов из Германии, как время показало будущих офицеров дивизии «Эдельвейс». С 1936 года в бывший монастырь стали прибывать дети из Испании., большинство из которых гитлеровцы уничтожили, а при отступлении зимой 1943 года разрушили все монастырские строения.

В 1988 году широко отмечалось тысячелетие крещения Руси. Патриарх Всея Руси Алексий II благословил всех верующих на восстановление прежних святынь. С возрождением храмов началось восстановление монастырей.

В 1991 году на месте бывшей обители собрались представители духовенства и православный люд. На месте, где стоял храм Успения Божей Матери отслужили молебен и осветили землю.

В 1997 году по благословению митрополита Ставропольского и Владикавказского Гедеона, Кавминводское духовенство вновь отслужило молебен и почетная гостья из Кисловодска Т.М.Лобова передала семейную реликвию — икону Пресвятой Богородицы, которая прежде принадлежала монастырю и была спасена ее родителями.

Священники вместе с казаками установили поклонный крест на том месте, где стоял Успенский храм. Крест стал символом возрождения Второ-Афонской обители. Храм был построен в течение двух лет в труднодоступном месте, где отсутствовали свет и вода. Иначе как чудом Божиим это строительство не назовешь.

Освящение храма состоялось 28 августа 2001 года, этот день стал днем открытия Второ-Афонского монастыря. Святынями новой обители стали привезенные с Афона икона Божией Матери, образ св. Апостола Иоанна Богослова, пророчицы Анны и Параскевы Пятницы, освященные на Афоне в Илиинском скиту. Владыка Гедеон преподнес в дар обители ковчег с мощами Киево-Печерских святых. Второ-Афонский монастырь стал первым возрожденным монастырем на Северном Кавказе. Его возрождение знаменует возрождение кавказского монашества.